☆サムス・アラン
バウンティハンター。元々は銀河連邦軍に所属していた。
アダムには反発しながらも、信頼をおいている。
今回のアザーMでは今まで以上に感情表現が豊かな性格で描かれている。
作中で「ベイビーズクライ」の信号に誘われボトルシップへ。
そこの調査を続けるうちに、銀河連邦の闇を知ることになる。

☆アダム・マルコビッチ
銀河連邦軍第７小隊の隊長。かってのサムスの上司でもあり、
サムスの理解者の一人でもあった。サムスからは父のように慕われている。
ボトルシップで偶然サムスと再会、サムスにも調査の協力を依頼した。
その後は各隊員達に指示を送っていたがジェイムスの襲撃を受け、
退けることには成功したものの、通信が遮断されてしまう。
後にモニターでサムスがメリッサと接触したことを知り、
サムスを救うべく、サムスと合流。そこで、セクターZEROに
進化したメトロイドがいること、メリッサは危険であることをサムスに
伝えた後、自らはセクターZEROのメトロイドを駆逐するため、
セクターZEROをメトロイドと自身共々爆破させ、犠牲になった。

☆ライアル・スミソニアン
第７小隊の隊員の一人。粗野でせっかちな性格をしているものの、
意外と臆病な一面も持つ。
また、爆発物やトラップなどの扱いを得意としている模様。
当初、セクター１の調査を行っていたが、アダムの指示で試験監視センターへの
経路確保を行うことに。
その後、試験監視センターでの合流地点に現れず、センター周辺で
死体となって発見される。死因はリドリーの幼生体に襲われた為。

☆モーリス・ファンボロー
第７小隊の隊員の一人。整備兵で機器の扱いを得意とする。
当初はセクター２の調査を担当していたが、アダムの指示で試験監視センターで
仲間達と合流。コンピューターが何者かによって自己破壊させられたことを
突き止めた。その後も調査を続け、施設の使用目的、責任者などの
情報を手に入れることに成功する。
しかしながらそれが仇となったのか、デリーターであるジェイムスに
真っ先に狙われ、セクター２調査中にフリーズガンで撃たれ死亡、
後からやってきたサムスに死体となって発見された。

☆アンソニー・ヒッグス
第７小隊の隊員の一人。サムスのかっての同僚でもあり、
サムスのことを親しみを込め、プリンセスと呼んでいる。
当初、セクター３の調査を行っていたがアダムの指示で一度、
試験監視センターで仲間と合流した。
その後は再度セクター３に戻り、そこでサムスと合流。しばらく共に行動していたが
リドリーの出現に動揺したサムスを救う為、リドリーに戦いを挑み、
攻撃を受けて溶岩に転落してしまう。
しかしながらフリーズガンを使って生き延びており、銀河連邦軍に不当な扱いを
されていたサムスのもとに駆けつけ、サムスの窮地を救った。
第７小隊唯一の生存者。

☆ジェイムス・ピアース
第７小隊隊員の一人。人当たりの良い性格をしている。
当初コントロールルームの調査を行っていたが、アダムの指示で
試験監視センターへと赴き、仲間と合流した。
その正体は「銀河連邦軍にとって不都合な真実を知ってしまったものを
消し去るために送り込まれた”デリーター”」であり、
試験監視センターのCPUを破壊したのもジェイムスだと推測される。
仲間と別れたあと、モーリスを殺害。セクター２内で兵器に搭乗し、サムスを
襲ったが返り討ちに遭い逃亡した。
その後もケイジを殺害、アダムを襲撃（未遂）し、さらにはメリッサを殺害
しようとしたが、メリッサに逆に殺されてしまい、
死体となってサムスに発見された。

☆ケイジ・ミサワ
第７小隊隊員の一人。偵察などを得意としている。
ボトルシップでは居住区の調査を担当。その後アダムの指示で
試験監視センターへと向かい、仲間と合流した。
後にセクター３の調査を行っていたが、ジェイムスにフリーズガンで
撃たれて死亡。そのまま溶岩に突き落とされてしまい、
サムスや連邦軍には最後まで生死不明扱いをされていた。

☆マデリーン・バーグマン
ボトルシップの研究者。ボトルシップから救難信号を送った人物でもある。
アンドロイドであるメリッサの世話役を務めていたものの、上層部のメリッサを
処分する方針を止められなかった為、メリッサから憎悪を抱かれてしまう。
ボトルシップ内でサムスによって救出され、共に脱出した。

☆メリッサ・バーグマン
ボトルシップで生み出されたアンドロイド。人間達の計画を目の当たりにし、
人間に憎悪を抱くようになり、銀河連邦軍に戦争を仕掛けようとしていた。
ボトルシップ内では当初、マデリーンを名乗りサムスと接触していた。
後に、自らを襲撃しにやってきたジェイムスを殺害。
最後はサムスとマデリーンの前に姿を現し、自らの正体と、目的を明かした。
直後、駆けつけた銀河連邦軍達にモンスターを差し向けるも、
連邦軍らによって射殺された

☆イアン・マルコビッチ
アダムの弟。アダムとは正反対の性格をしていた模様。
兄同様、銀河連邦軍に所属しており、サムスらとも親しかった。
ドライブユニット処理任務の際に殉職しており、
本作では回想シーンのみ登場する。

☆銀河連邦軍検疫官
サムスとも顔なじみの検疫官。物語冒頭でサムスに動作のレクチャーを行う。
しかしながらその裏で、メトロイドの細胞片を回収し、連邦本部へと
送っていた。

☆銀河連邦軍部隊長
物語終盤でサムスの前に現れた連邦軍の部隊長。
メリッサを始末し、サムスを丸め込み、連邦軍の不正をもみ消そうとする。
…が、直後に現れたアンソニーによってその目論見は失敗に終わる。